秦琼在凌烟阁排名末位的原因可能有以下两点：
- 秦琼在唐朝建立后，因身体状况不佳，没有太多立功表现。
- 秦琼没有参与“玄武门之变”。这是他在李世民心目中地位一落千丈的重要原因，而尉迟敬德不但旗帜鲜明地站在唐太宗这边对抗太子李建成和齐王李元吉，还参与了“玄武门之变”，亲手射杀了齐王李元吉，并在这场战斗中救援李世民，因此在功臣的位次上占据优势。
秦琼能排进凌烟阁二十四功臣也是对其的一种肯定。
秦琼秦叔宝是齐州历城人，曾在隋朝名将来护儿、张须陀、裴仁基帐下任职，骁勇善战，随裴仁基投奔瓦岗李密，瓦岗失败，转投王世充，见王世充为人奸诈，便与程咬金等投奔李唐。在李世民帐下听用，东征西讨，平定宋金刚，王世充，窦建德等，战功卓著，封翼国公胡国公，由于长年征战，秦琼久病缠身，在贞观十二年病死。
据说凌烟阁功臣排名遵循两点，一，官大功大在前，以左为尊。二，参与玄武门之变有功在前，没有参与的在后。史书中记载，秦琼在玄武门之变前功劳和官职都在尉迟恭之上，在李渊当皇帝的时候就已经封了翼国公。李世民登基后，秦琼伤病复发，已不能再立大功，玄武门之变也没有参加（仅旧唐书说参加），再者，秦琼生前官职左武卫大将军，仅是正三品。如此，秦琼被列在最末并不奇怪。
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秦琼的武力值在《旧唐书·秦琼传》中有明确记载：“跃马负枪而进，必刺之万众之中，人马辟易”，这种“百万军中取上将首级”的能力在关羽张飞的身上也出现过。
秦琼归唐后成为李世民旗下的头号战将，为李世民的天策府立下了赫赫战功。
这样武勇的秦琼在凌烟阁的排名垫底，我认为主要还是和当时的政治环境及皇帝心情有关。凌烟阁是李世民怀念过往的产物，也是收买人心的政治工具。
李世民虽然雄才大略，治国有方，为大唐盛世打下了基础。
人无完人，李世民在治国上取得了“贞观之治”的美名，但在家庭教育上却是失败的。
面对着太子离心离德的谋反，曾经并肩作战的属下的背叛，高句丽日益威胁大唐边疆的担忧，让李世民心力憔悴。
所以李世民需要国内的安定，好腾出手来对付高句丽，这样收买人心就十分必要了。凌烟阁的意义重大，收买人心固然重要，但也要考虑实际情况。
综合之下，秦琼就只能排在凌烟阁的末尾了，但这是皇家给予的荣耀，谁又能说个不好呢？恐怕当时的秦家后人不知道有多高兴吧！
李世民绝对是心理学高手！
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上一位回答者已经说的很清楚了，不过我觉得原因的顺序可以调整一下
最重要的一点，应该还是秦琼没有参加玄武门之变，咱们可以看到凌烟阁功臣里，排在前面的，都是在玄武门之变中起到关键作用的人，不是参与策划，就是亲自上阵，秦琼实在排不到前面。
咱们应该探讨更深一点，设置凌烟阁功臣录到底是要做什么，是拉拢人心？还是真的怀念故友？
这目的恐怕才是排名先后的依据。
凌烟阁24功臣的名单大约是这样：
长孙无忌，李孝恭，杜如晦，魏征，房玄龄，高士廉，尉迟恭，李靖，萧瑀，段志玄，刘弘基，屈突通，殷开山，柴绍，长孙顺德，张亮，侯君集，张公谨，程知节，虞世南，刘政会，唐俭，徐世绩，秦叔宝。
听过《隋唐演义》的会在这里面看到很多熟人，比方说魏徵，尉迟恭，侯君集，徐茂公，程咬金，秦琼等人。
其中在《隋唐演义》中大老粗程咬金轮排名还排在徐世绩，秦叔宝之前。为啥？
李世民在说明凌烟阁入驻条件时，有这么几条：
或绸缪帷帐，经纶霸图；
或学综经籍，德范光茂；
或竭力义旗，委质藩邸；
或辟土方面，重氛载廓。
或绸缪帷帐，经纶霸图，我们太原起兵您就跟着一起打天下来着，秦二爷显然不和这一条，即使是隋唐演义，也是说他先投王世充，后来才归了李唐，这时候李渊都当皇帝了，天下的形式业逐渐明朗。
或学综经籍，德范光茂；，这是说魏徵房玄龄之类文官的入住条件，秦琼一介武夫，大约无法学综经籍吧。
看看比他晚投唐的尉迟恭在玄武门之变前后的表现，尉迟恭和长孙无忌侯君集不停的劝唐太宗要先下手为强，尉迟恭还威胁唐太宗，你要是不先下手除掉建成元吉，我就不跟你混了，我就颠了，我不能在这儿坐等建成元吉来杀我。
同时尉迟恭还准备了800勇士控弦披甲只等秦王下决心。
李世民下定决心要起事时，派人联络被李渊赶出秦王府的房玄龄杜如晦，这俩人因为被贬，不敢来，说皇帝李渊下旨不让他们掺和秦王府的事情。
李世民大怒，把自己的腰刀交给尉迟恭，告诉他：你去看看老杜和老房，如果他俩不愿见我，那就让他俩的脑袋来见我吧。
可见战场杀伐出身的李世民有股子狠劲，而此时，李世民也把尉迟恭当成了自己的绝对心腹。
由于评书和《三国演义》等小说的影响，大多数国人，对于武将的认知，与事实有较大的差距。
《孙子兵法》说，为将者，智信仁勇言，勇只能排在第四位。由此可以知道，对于统军将领来说，个人的武勇，大多数时候并不是战争胜利的决定因素。只有在两军相持的时候，才是“狭路相逢勇者胜”，事实上发生的战斗中，这样的机会并不多。
秦琼被称为大唐第一勇将，其带兵能力并不出众，所以尽管爵位不低，却从来没有独当一面地带领那一只成规模的部队，镇守一方，或者攻城略地。所以终其一生，虽立战功无数，官职始终不高。年老后因为年轻时冲锋陷阵过多，身体伤病致使不适合继续做官，大多数时候都在休养。
尤其是决定唐朝命运的玄武门之变，秦琼并未参与，这种拥立的最大功绩缺乏，加上带兵能力不行，更是不适合在朝中做官。
不少人对于带兵能力，可能不是十分清楚。带兵能力分为练兵能力，指挥行军和谋划作战制定作战计划的能力，和执行能力。勇将基本上只有执行能力，非战时不会发挥多大作用，所以只适合师团一级的战术指挥。一旦上升到战役级别的大兵团作战，勇将基本上都不太擅长，所以说打胜仗并不难，难的是练兵。
因为在凌烟阁24功臣中，还有大部分文臣进行排名，如房玄龄、杜如晦、长孙无忌、魏征、萧瑀等，故秦琼在凌烟阁中显得排位较低。
还有秦琼没有参加玄武门之变，没有明确表示支持李世民，故李世民把秦琼在凌烟阁中的排位较低。
其实真实历史中的秦琼武艺超群，力大无穷，是两军交锋中的猛将，可以说是李世民手中的秘密武器。可以说秦琼出场经常能起到意想不到的作用。由于秦琼在前期李唐开疆扩土的过程中多次负伤，从而导致后期身体很差，因此后期秦琼没有什么精彩表现，甚至说表现平庸。
《新唐书·秦琼传》:......及平隐、巢，功拜左武卫大将军。 后稍多疾，尝曰：吾少长戎马间，历二百余战，数重创，出血且数斛，安得不病乎？”
由“及平隐、巢，功拜左武卫大将军”这段文字，说明秦琼是参加了玄武门之变的！而位列凌烟阁排名之末，就是因为身体原因，退休的太早了所致。
而秦琼自唐太宗登基后，直到贞观十二年病逝为止，在家养病居多，并没有像尉迟敬德与程咬金等人般经常出任州刺史、都督等职。
素以壮猛勇武闻名的秦琼竟然经常生病，有人为此不解，问:
“大将军为何如此多病？”
秦琼回答道:
“我少年即从军，身经二百余次战斗，多次受重伤，前后负创流血达数斛之多，岂能不生病？”
就这一问一答间，秦琼之勇，早已跃然纸上了。
并由此也就知道了，秦琼为何名列凌烟阁之末的原因无他，就是因为身体关系，过早的提前退休，导致在贞观年间再无新功。
但就算如此，一个开国就淡出视线、病退在家再无新功绩的将军，仍能凭昔日的军功，在其身逝五年后的贞观十七年、排进凌烟阁24人之中。
那么岂不正说明了，秦琼的身前的功劳，完全可以用战功赫赫四字来形容了？
二:
秦琼名字为何又不在玄武门内设伏名单中呢？
原因很简单！玄武门之变不仅仅只是设伏一件事。
比如秦王府要不要守卫，职责重要不重要？
由这点看，李世民留守秦王府的兵力，也必须要一位善战猛将坐镇，才能安心。而这留守猛将，也可以推测为秦琼。
还有长安城中的其他禁卫军，要不要派出重将去掌握？
又万一发生李建成元吉等不来玄武门等等意外因素，会不会出现，要不要安排后手？
以秦王李世民身经百战，再加上房谋杜断之能，战前筹划时必定会考虑到多种方案，这也是显而易见的事。
所以，不入玄武门设伏，真不代表没有参与玄武门之事！
由此，有人所谓“秦琼因为没参加玄武门，而担惊受怕装病十二年”的说法，纯属是以小人之心，度汉唐壮士之腹了。
因为隋唐时代风气，推崇敢作敢为，大将还没有这种熊样的！
(图片来自网络)
秦琼为大唐李氏天下立下的大功是无人可比的，
光是临潼山救驾，就是以使李唐王朝感恩戴德，以后的追随李世民南征北讨，做为统兵元帅，谁能说不是首功？只所以名列功臣阁未位，我考虑可能出自两个方面：
唐高祖李渊曾对秦琼保唐寄与厚望，尤其对太子的安危十分耽心。玄武门兵变，李世民杀兄又逼父让位，估计秦琼心理是有所抵触的。此后又因多病很少参与朝庭大事，所以李世民对秦琼应该有看法的。
只是碍于众家忠臣良将和昔日情面，对秦琼也做了些普通的封赏。
帝王的家事恩怨实在不能参与，要么大功臣，要么掉脑袋，秦琼的待遇算是较好的了，不然后人怎么说伴君如伴虎呢。
隋唐演义中的秦琼与历史上真实的秦琼有一定的差距。在隋唐演义中，秦琼是第一猛将，他马踏黄河两岸，锏打三州六府，交友似孟尝，孝母赛专诸，神拳太保，双锏大将，隋唐十八条好汉之一。
然而，在真实的历史中，秦琼虽然也是一名勇将，但他在凌烟阁二十四功臣中排名最后一位，主要是因为以下几个原因：
1. 秦琼的官职较低。在玄武门之变后，秦琼并没有像尉迟恭那样受到李世民的重用，而是逐渐被边缘化。他在贞观年间的官职一直不高，直到贞观十二年才病逝。
2. 秦琼在玄武门之变中的表现并不突出。虽然秦琼参与了玄武门之变，但他的表现并不如尉迟恭那样抢眼。尉迟恭在玄武门之变中表现出色，不仅亲手杀死了李元吉，还保护了李世民的安全。
3. 秦琼在贞观年间的战功并不突出。虽然秦琼在唐朝开国时期屡立战功，但在贞观年间，他的战功并不突出。相比之下，其他将领如李靖、李绩、尉迟恭等人在贞观年间的战功更加突出。
综上所述，秦琼在凌烟阁二十四功臣中排名最后一位，主要是因为他在官职、玄武门之变中的表现以及贞观年间的战功等方面都不如其他将领。
大家知道单雄信怎么死的是徐茂功把秦琼支走让他二人运粮食到最后单雄信一个人拿着金顶枣阳塑打进唐营如入无人之地其实大唐里有多少大将都不愿意和单雄信打，最后尉迟恭才把他抓了到最后斩他时秦琼运粮快到了徐茂功下令让罗成监斩单雄信三声炮响人头落地，秦琼当时就从马上摔了下来从此之后往日的雄心一扫而光。从那时起李世民感觉秦琼对他也不是以前那些有话就说的人知己了，所以在后来杀李建成李元吉时就没有通知他，到后来凌烟阁24功臣也指能排最后了
我不知道题主看的是哪一部隋唐演义，无论单田芳的评书还是褚人获的小说，秦琼都算不上第一大将，而且差的有点多。
那么历史上骁勇善战的秦叔宝为何在凌烟阁二十四功臣中排名最末呢？
首先，凌烟阁并不是按照武力来进行排名的。比如房玄龄、杜如晦、魏征这些明显就是文官。
第二，也并非按照功劳进行排序。比如说让李世民晚年都有所忌惮的李绩，他的功劳够大吧，可是也只是倒数第二。
第三，凌烟阁建成的时候，秦琼已经去世了。他的功劳几乎都是在建唐之前，建唐之后一直身体不好，几乎一直在养病。所以多少比侯君集、程咬金这些人容易被人遗忘。
第四，秦琼并非一开始就是唐将。秦琼开始是来护儿的手下，后来跟张须陀镇压起义，后来又陆续在李密和王世充手下效力过，归唐时也不是一方大将，可以算是孤家寡人一个。
第五，秦叔宝不算是完全的秦王党。严格的说他应该是唐将，算不上坚定的秦王党，起码比起尉迟敬德和长孙无忌他们肯定算不上心腹。
其实任意一条都没关系，但是这“集万千宠爱于一身”的貌似只有秦琼一人。再者凌烟阁的建立本来就是李世明为了缅怀过去的岁月，对这些臣子的一种变向褒奖，顺序什么的并不是那么重要。而且说一句难听的，帝王最是无情，李世民能在秦琼去世五年后还把他列入凌烟阁，已经算是不错了。
凌烟阁应是一座很高的楼阁，古时楼阁一般用于休息、游玩、远眺，唐太宗贞观十七年，为表彰为建立运行唐王朝作出突出贡献的二十四位功臣，在太极宫东北角建设了一座很高的楼阁，楼阁内绘有二十四功臣像。凌烟阁毁于战乱，现无人知道它的样子，但二十四位功臣的名子留下来了，具体如下：长孙无忌，李孝恭，杜如晦，魏征，房玄龄，高士廉，尉迟恭，李靖，萧瑀，段志玄，刘弘基，屈突通，殷开山，柴绍，长孙顺德，张亮，侯君集，张公谨，程知节，虞世南，刘政会，唐俭，徐世绩，秦叔宝。这一下问题来了，为什么大名鼎鼎的秦叔宝秦琼排在最后呢？自从唐朝后，这个问题就一直困扰着秦琼的粉丝。我也是秦粉，一直为这个武功一流，对友诚信，对主忠诚，善于冲锋陷阵的英雄鸣不平。但历史记录对二十四功臣的记载就是这么记载的，是谁也没办法改动。
到底为什么会是这样排名呢？
我想有两个问题后人理解有误。
一是这个记载就是单单记录，没有排名之意，只是后人著史读史时认为这就是当初的排名，而且前一名功大于其后一名。而这实际不是唐太宗的意思。历史记载不可能画个圆圈写一圈名字，也不可能如现代人打个括号内写排名不分先后，只简单记下二十四人名字，旌表他们，根本没想排名先后的事。
二是当时二十四人画像如何分布后人不得而知，为排名问题的解决增加了难度。名为凌烟阁，肯定不止一层，起码在二层以上，那么这些人谁画那一层？谁画那一边？都是问题，据我想应都画在最高一层，那么唐时左手为上，进阁门左手第一为长孙无忌，依次排序，则右手第一为秦叔宝。这样一来，秦叔宝成了右班第一，长孙无忌成了左班第一，而屈突通成了左班末尾，殷开山成了右班末尾。大家用这个思路排一下，却是另一番景象，左班依次为：长孙无忌，李孝恭，杜如晦，魏征，房玄龄，高士廉，尉迟恭，李靖，萧瑀，段志玄，刘弘基，屈突通。右班依次为：秦叔宝，徐世绩，唐俭，刘政会，虞世南，程知节，张公谨，侯君集，张亮，长孙顺德，柴绍，殷开山。是否觉得有这个可能？
一点想法，供网友讨论。
在隋唐系列小说中，秦琼是一位重要角色，其不仅武艺高强，而且在江湖中，颇有信义之名。他先在瓦岗为将，后归顺李唐，在之后的时间里，其追随李世民南征北讨，为唐朝的统一立下了赫赫战功，得以被封为护国公，也称“胡国公”。
其实，秦琼不仅在小说中是一员战将，而且在历史上，他同样是一位赫赫有名的将军。其在归顺李唐后，同样为李唐江山的统一和稳固立下了汗马功劳。
读过隋唐小说的都清楚，书中有四绝四猛十三杰，秦琼确实是在十三杰之中，但他却是和尉迟恭一起位居第十三位。也就是说，前面十二位都是比他武艺高强的。
比如，李元霸、宇文成都、裴元庆、雄阔海、伍云昭、伍天锡、罗成、杨林、魏文通、秦用、尚师徒、梁师泰等，他们既然能排在秦琼、尉迟恭之前，其武艺自然要高。
至于为什么隋唐小说后期，感觉秦琼、尉迟恭是无敌的存在，这是因为排在他们之前的基本已经不在了，唯一还活着的，还是秦琼的表弟罗成，他自然不会与秦琼为敌。所以感觉小说中秦琼很厉害，而事实却非如此。
总之，秦琼排在凌烟阁末位，是有一定道理的。毕竟能绘图于凌烟阁，又有哪一个不是有大功于唐朝的呢！
退一步说，大唐臣民、功臣无数，而只有他们二十四位，不管位居第几，又复何求呢！
谢谢悟空邀请，凌烟阁内置三层，根据功劳大小，唐太宗李世民将二十四名功臣分置三层之内，最终排名为:长孙无忌，李孝恭，杜如晦，魏征，房玄龄，高士廉，尉迟敬德，李靖，萧瑀，段志玄，刘弘基，张亮，侯君集，张公谨，程知节，虞世南，刘政会，唐俭，李绩，秦琼。
其中最大的原因应该还是秦琼没有参与玄武门之变，归唐晚也是其中一方面原因，程知节和尉迟敬德都参与了玄武门之变，尉迟敬德更是救过李世民，射死了李元吉，更是功不可没，所以两人自然比秦琼排名靠前。
但是呢，也许一切都是注定的，正是因为秦琼没有参与玄武门变，民间才会更加的推崇秦琼。
排名也不影响我们对秦国公的推崇和敬重，何必太过于在意呢，你说呢？
第一，秦琼只是万人敌的猛将，而不是一个宰辅之才。在秦琼的传记中可以得出结论，他是一个绝对的猛将，是当时顶尖的高手，冲锋陷阵无人能挡，但他也只是一个猛将，而不是一个帅才，没有单独统帅大军征战过。第三，秦琼在后期身体不好，错过了很多立功的机会。秦琼的很多功劳都是在李渊时期建立，但是他在后期身体不太好，经常卧病在床，李世民登基后大唐灭东突厥、攻打吐谷浑等大战他都没能参加，错失了再建大功的机会。
综上所述，我认为秦琼能入选二十四功臣之一就是对他功劳最大的肯定，至于说位列最后一位，那也是出于对他功劳的总评价！
有人说因为秦琼没参与“玄武门之变”，所以让李世民记恨了。其实这个说法是站不住脚的。李世民没有那么小心眼，从来没有站队的李靖也一样没参与“玄武门之变”。还有李绩同样也没有参与。但是他们的排位都比秦琼高。其中李靖甚至都算不上李世民小圈子里的人，魏征更是玄武门之变后才跟随李世民的。
而剩下的人里，李靖有灭国之功，尉迟恭是拿着剑逼李渊禅让的，后来又参与过几次战场。程咬金、张亮、张公瑾、侯君集等等，这几位在李世民登基以后，都还有别的建树！唯独秦琼，在贞观年间基本没有任何功劳！所以秦琼排在最后也是应该的。虽然能力在，但是数量上差的太多了。如果秦琼有程咬金的生命力，智力武力全在线的秦琼绝对能进前几名的。
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